現(xiàn)代物流業(yè)作為新興的生產(chǎn)性服務業(yè)，已成為推動經(jīng)濟發(fā)展的加速器。大力發(fā)展現(xiàn)代物流業(yè)，將會有效提高服務業(yè)在國民經(jīng)濟中的比重，促進經(jīng)濟結構調(diào)整和發(fā)展方式轉(zhuǎn)變，增強企業(yè)競爭力，推動國民經(jīng)濟“又好又快”發(fā)展。
黨中央、國務院高度重視現(xiàn)代物流業(yè)發(fā)展。“十一五”規(guī)劃綱要明確了現(xiàn)代物流的產(chǎn)業(yè)地位，把“大力發(fā)展現(xiàn)代物流業(yè)”擺在突出位置。從我國經(jīng)濟發(fā)展的需要和國際經(jīng)濟競爭的趨勢來看，我國現(xiàn)代物流業(yè)尚處于初級階段，發(fā)展的差距和潛力仍然很大。2006年，我國社會物流總費用與GDP的比率為18.3%，高出發(fā)達國家1倍左右。這一比率每降低1個百分點，就等于節(jié)約社會經(jīng)濟運行成本2000多億元。
近些年來，現(xiàn)代物流業(yè)在我國得到了快速發(fā)展。“九五”期間，每億元GDP帶動的物流需求平均為1.73億元，2001年、2002年進一步上升到2.03億元和2.27億元；2006年達到2.8億元，2007年第3季度達到3.2億元，即我國每單位GDP產(chǎn)出需要3.2個單位的物流總額來支持。表明我國經(jīng)濟發(fā)展對物流的依賴程度越來越高。2007年前3個季度，我國社會物流總額達53.7萬億元，同比增長25.5%。隨著經(jīng)濟的發(fā)展，我國現(xiàn)代物流業(yè)已進入平穩(wěn)較快的發(fā)展區(qū)間。
我國物流業(yè)雖然發(fā)展較好較快，但也面臨許多問題。近年來，國務院批準成立現(xiàn)代物流工作部際聯(lián)席會議，出臺了一系列支持物流產(chǎn)業(yè)發(fā)展的政策措施。特別是從2005年起，開展物流稅收試點工作，有效地減輕了物流企業(yè)在流轉(zhuǎn)環(huán)節(jié)營業(yè)稅重復納稅的問題，有力地支持了物流產(chǎn)業(yè)發(fā)展。通過我們調(diào)研發(fā)現(xiàn)稅收政策仍然是物流企業(yè)最為關注的問題。
本課題認為，我國物流業(yè)稅收管理中存在的主要問題有：一是營業(yè)稅存在部分重復納稅現(xiàn)象；二是物流企業(yè)綜合稅負相對偏高；三是所得稅屬地繳納不符合現(xiàn)代物流業(yè)跨區(qū)域發(fā)展的特點；四是整合社會運輸資源中取得合法運輸發(fā)票不便的問題；五是物流企業(yè)自開票納稅人的認定與額度管理的問題；六是倉儲物流服務中土地使用稅與企業(yè)兼并整合中土地出讓金及營業(yè)稅的問題；七是物流業(yè)稅收存在征管困難、稅收漏洞與執(zhí)行中的理解差別問題；八是有關行政管理部門管理收費加重了物流企業(yè)的經(jīng)營負擔。
本課題回顧了改革開放以來我國對物流相關行業(yè)財稅支持政策的歷史沿革，介紹了部分國家物流產(chǎn)業(yè)稅收管理的一些做法。在此基礎上提出了我國物流業(yè)稅收管理改革的基本方向、原則，以及應該支持的關鍵領域和薄弱環(huán)節(jié)。基本方向是：有助于完善稅收體制，符合市場經(jīng)濟取向；有利于減輕物流企業(yè)負擔，增強企業(yè)競爭力；營造物流產(chǎn)業(yè)良性發(fā)展的氛圍；促進調(diào)整優(yōu)化經(jīng)濟結構和轉(zhuǎn)變經(jīng)濟發(fā)展方式。基本原則是：稅收公平原則；避免重復征稅原則；與現(xiàn)行稅制相協(xié)調(diào)的原則；支持物流業(yè)發(fā)展，涵養(yǎng)稅源，強化征管的原則。中國物流業(yè)稅收改革應該支持的關鍵領域和薄弱環(huán)節(jié)主要包括：（1）支持行業(yè)服務能力的形成；（2）支持制造業(yè)、商貿(mào)業(yè)物流業(yè)務分離外包；（3）支持物流企業(yè)整合利用社會物流資源；（4）支持物流組織化、規(guī)模化進程；（5）支持物流企業(yè)的跨國發(fā)展與跨境物流服務；（6）支持物流信息化等基礎建設。
本課題提出了我國物流業(yè)稅收管理的九條政策建議：（1）明確物流外包業(yè)務營業(yè)稅的差額納稅方法；（2）適當降低部分物流服務的營業(yè)稅稅率與土地使用稅稅率；（3）在全國范圍內(nèi)實行物流企業(yè)統(tǒng)一繳納企業(yè)所得稅政策；（4）利用規(guī)模物流企業(yè)管理體系，解決小規(guī)模運輸戶稅收監(jiān)管困難與存在漏稅現(xiàn)象的問題；（5）放寬物流企業(yè)自開票納稅資格認定中關于自備車輛的規(guī)定；（6）妥善解決物流企業(yè)兼并與整合中出現(xiàn)的稅收問題；（7）設計符合我國物流特點的物流業(yè)專用發(fā)票；（8）取消與稅收重復的行政性收費；（9）進一步擴大物流企業(yè)稅收試點工作。
課題組在國家發(fā)改委指導下，組織了來自政府部門、大專院校、研究機構、行業(yè)協(xié)會和企業(yè)等方面的專家，利用已有的研究成果，搜集國內(nèi)外資料，征求物流企業(yè)的意見，反復修改論證，提出了我國物流業(yè)稅收管理的基本思路和政策體系的基本框架，具有較強的理論意義和實際價值。但現(xiàn)代物流業(yè)在我國還是新興的產(chǎn)業(yè)，對其稅收管理的研究剛剛開始，有許多問題還需要進行深入地探討。